Între anii 2004-2009, Seminarul dorohoian a accesat, cu sprijinul Inspectoratului Şcolar Botoşani şi cu sprijinul Patriarhiei Române un proiect de reabilitare finanţat de Guvernul României şi Banca Mondială. S-a decis demararea procedurilor de întocmire a documentaţiei pentru clădirea nouă, care urma să cuprindă 8 săli de clasă, un paraclis, birouri, holuri, spaţii sanitare etc.
La proiectare au existat câteva probleme legate de spaţiul pentru Paraclis, sub rezerva nefinanţării din banii Băncii Mondiale a unui spaţiu liturgic. Totuşi s-a dovedit bunăvoinţă din partea celor abilitaţi, explicându-li-se că este un spaţiu unde elevii seminarişti fac practica liturgică, putând fi asimilat ca laborator. Astfel s-a ajuns la performanţa de a fi singura şcoală din ţară dintre sutele construite prin acest program, care a avut finanţare pentru un paraclis. Execuţia a fost asigurată de firma S.C. „Nova Construct” din Iaşi și firma S.C. „Sigma Aps”. Cu siguranţă în tot acest demers am fost „monitorizaţi” de Sfântul Ioan Iacob, prietenul şi ocrotitorul nostru, Paraclisul fiindu-i închinat prin hramul din 5 august al fiecărui an.
În anul 2009 a fost dată în folosinţă noua clădire şcoală, cuprinzând 6 săli de clasă, un laborator de informatică, spaţii administrative şi sanitare, precum şi Paraclisul, necesar desfăşurării practicii liturgice a elevilor seminarişti.
În acest paraclis, începând din 25 ianuarie 2009, după vizita Înaltpreasfinţitului Părinte Teofan, Arhiepiscop al Iaşilor şi Mitropolit al Moldovei şi Bucovinei, se slujeşte Sfânta Liturghie în fiecare duminică şi sărbătoare.
„Mă bucur că suntem aici[…] şi mă bucur pentru că este prima Sf. Liturghie săvârşită aici, pentru că dacă s-a slujit pentru prima oară, înseamnă că de astăzi înainte oraşul acesta, are încă un susţinător, adică încă un altar, adică încă un turn de apărare, un stâlp care susţine localitatea[…] pentru că orice Sfântă Liturghie săvârşită într-o biserică, înseamnă o mână aşezată de Dumnezeu asupra acelei localităţi.[…] Mă bucur să pătrund pentru prima dată în acest aşezământ teologic.[…] Să avem în primul rând gând de mulţumire către Dumnezeu pentru aceasta şi după aceea că s-a împlinit această frumoasă lucrare.[…] Evanghelia de astăzi, ne spune nouă slujitorilor şi viitorilor slujitori cum trebuie să fie păstorul cel bun – să dea păşune oilor, să le cunoască, să-l doară inima de oi şi să-şi pună viaţa pentru ele.[…] Rugăm pe Bunul Dumnezeu să răsplătească osteneala şi dărnicia celor care într-o formă sau alta, au ajutat ca acest aşezământ teologic să prindă un frumos contur.” (Fragment din cuvântarea rostită de Înaltpreasfinţitul Părinte Teofan, Arhiepiscop al Iaşilor şi Mitropolit al Moldovei şi Bucovinei în 25 ianuarie 2009, în paraclisul Seminarului Teologic Liceal „Sfântul Ioan Iacob” din Dorohoi.)
Clădirea are sursă proprie de încălzire, adăugându-se ca patrimoniu al şcolii alături de clădirile internat şi cantină.
